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理化学研究所(理研)は、生体分子の運動を1分子レベルから細胞レベルまでの幅広い空間スケールで解析可能なシミュレーションソフトウェア「GENESIS」を開発し、オープンソースソフトウェアとして無償公開しました。

生命科学や分子生物学では、タンパク質やDNAなどが細胞という環境の中でどのように機能しているかを理解することが必要ですが、これまでの分子動力学シミュレーションソフトウェアは、従来のアルゴリズムを多数の演算装置 (CPU) を用いて実施したため、CPU間の通信時間が増大するため限界がありました。

GENESISは、スーパーコンピューター「京」のアーキテクチャを考慮に入れた独自の計算アルゴリズムを導入することで並列計算を効率化し、高速な分子動力学シミュレーションを実現しました。今後、創薬研究などに幅広く適用されることが期待されています。